ビャクシンはヒノキ科の常緑高木で、本州から九州の主として太平洋側の海岸地方に自生し、庭木としても植栽される。普門院のビャクシンは、樹高7.6m、胸高周囲2.6m、根元周囲3.7ｍで、傾斜して生え、老木の雰囲気がある。樹齢は約350年と考えられている。